Passando ai secondi piatti, nella cucina Pugliese la fanno da padrone pesci e carni cucinate sulla brace, che in Puglia, grazie all'abbondanza di legno di ulivo e quercia, dona alle pietanze cucinate su di essa un gusto ed un aroma unico. Tra i pesci, il sarago e l'orata sono i più impiegati nella cucina Pugliese, ma sia gli sgombri che le sarde sono largamente impiegate e consumate. Anche il polpo, sopratutto di piccole dimensioni, diventa una vera leccornia cotto sulla brace e condito con olio extravergine di oliva e limone.
Tra le carni citiamo tipiche della cucina Pugliese quella di cavallo (costate o fettine), quella di maiale (costate, capocollo e dal gusto speciale la pancetta fresca tagliata a fette sottili e cotta sulla brace), manzo e vitello (sopratutto costate). Nella cucina Pugliese discorso a parte meritano le carni di capretto e agnello, che vengono prima infilati su lunghi spiedi e poi cotti alla brace tenendo gli spiedi inclinati a 45° e girandoli spesso. Questa cottura particolare (a ù furniddé), sfrutta al massimo il profumo dato dalla brace e evita che il grasso che si scoglie durante la cottura cada sulla brace, bruciandosi e alterando quindi il profumo della carne. Nella cucina Pugliese questo tipo di cottura viene applicato anche ad altri tipi di carni e preparazioni, oltre a quelle già citate, e cioè a i gnummerieddì specie di involtini fatti con un pezzo di frattaglie o di fegato di agnello, legati con un pezzo di budella accuratamente pulito, salciccia fresca di diverse miscele di carni (tra cui citiamo particolarmente la zampina) e, infine, il pollo sia intero che a pezzi. Altri secondi della cucina Pugliese sono: la scorfòla (scorfano rosso) a zuppa, polpo in pignata (particolare tegame panciuto di coccio), sgombri con le patate, agnello o capretto al forno con patate e vambascùl (specie di cipolla, comunemente chiamata lampone), coniglio alla contadina con olive nere (chiamato 'assut-assut' perchè si fa' addensare al massimo il fondo di cottura), la tieddà (piatto unico a base di riso, patate e cozze), melenzane ripiene di un composto di uova, formaggio e pane grattuggiato, diverse verdure grigliate (melenzane, peperoni, funghi, zucchine, cipollotti freschi, ecc.), e molti altri che solo la fantasia delle massaie delle antiche masserie potevano inventare.